与此同时，电路结构上也有异于通常的结构。通常对于输出10KV以下的电源，可以直接采用传统的各种拓扑结构。但是对于电压更高的电源，就要对电路结构作一些修改，以满足更高电压的输出。由于高频直流高压发生器初级部分的功率器件的耐压限制，一般驱动部分依然是传统的开关电源拓扑，对电路结构的修改，主要是集中在发生器以及后面的整流电路上。

　　每个高频直流高压发生器的升压比不是很高，磁芯与次级绕组间的压差不大。这种方法的优点是：适合大功率输出。发生器绕组对磁芯的绝缘容易处理；每个发生器要传递的功率不一样，zui低压端的发生器传递功率zui大，zui高压端的发生器传递功率zui小。每个发生器对地绝缘要求不同。zui高压端的发生器对地绝缘要求zui高。由于发生器存在漏感，所以越是远离驱动输入的发生器，其回路中等效的漏感就越大。那么发生器实际输出的电压是有差异的，即便匝比都是一致的。

　　高压端的绕组对磁芯的电压差很大，绝缘不容易处理。次级绕组如果对磁芯或初级结构不一致，那么漏感会不一致，导致绕组间存在差异。如果保持结构一致，则全部次级都必须按照zui高绝缘要求来设计，那么发生器的窗口利用率会大大下降。

　　高频直流高压发生器磁芯是由多段组合而成，每段磁芯之间都用绝缘性能很好的薄膜进行绝缘。每段磁芯都有一个次级绕组。适合较大功率的输出。变压器数量少，只需要一副磁芯。每段次级绕组与磁芯的电压差小，次级绕组对磁芯的绝缘容易处理。